Enemigos
Equipo Rocket
Artículo principal: Equipo Rocket
El Equipo Rocket, conocido en Japón como (ロケット団, 'Roketto Dan'?) es una organización criminal internacional, la cual esta interesada en el robo de especies raras de Pokémon y la dominación mundial, además de algunos otros crímenes.
- Jessie, conocida en Japón como (ムサシ, 'Musashi'?), James, conocido en Japón como (コジロウ, 'Kojiro'?) y Meowth, conocido en Japón como Nyarth (ニャース, 'Nyāsu'?) son los antagonistas principales en la serie. Aparecen en cada episodio tratando de robar al Pikachu de Ash, entre otros mezquinos crímenes o variadas travesuras.
Equipo Aqua y Equipo Magma
Artículo principal: Equipo Aqua y Equipo Magma
El Equipo Aqua (アクア団, 'Akua Dan'?) y el Equipo Magma (マグマ団, 'Maguma Dan'?) son dos grupos opuestos que buscan causar enormes modificaciones al ecosistema del planeta. Aqua desea expandir los mares despertando a Kyogre, y Magma quiere hacer lo mismo con la tierra a través de Groudon
Maxie— El Líder del Equipo Magma.
Archie— El Líder del Equipo Aqua.

Equipo Galaxia
El Equipo Galaxia (ギンガ団, 'Ginga Dan'?) son el maligno equipo que atormenta a la región de Sinnoh. Desean reformar el tiempo y el espacio para sus propios motivos.
- Mars y Jupiter— Una pareja de Comandantes del Equipo Galaxia. Ambas son mujeres.
- Saturn— Un joven que es el más alto Comandante del Equipo Galaxia.
- Cyrus — El jefe del Equipo Galaxia.
Cazadora J
J (ポケモンハンターJ, 'Pokémon Hunter J'?) es una cazadora de pokémon. A diferencia del Equipo Rocket, ella trabaja con su propio grupo de malandrines. Ella es contratada por personas que por lo general son millonarias y tratan de hacer negocios con ella para que capture a pokémon raros o especiales para venderlos a un alto precio. Aparece por primera vez en el episodio “Mutiny in the Bounty” de la temporada diamante y perla

